生命のしくみを分子レベルで理解する
生命科学や化学の分野でもコンピュータを活用した研究が急速に広がっています．本研究室では，計算機シミュレーションやデータ科学的手法を用いて，タンパク質が機能するしくみを研究しています．タンパク質は“生体内で働く分子機械”とも呼ばれ．免疫応答，代謝，光合成などあらゆる生命活動に深く関わっています．その仕組みを理解することは医療や産業にも役立つと期待されています．
研究概要
当研究室では，コンピュータを用いて，主にタンパク質の機能発現機構の解析を行っています．ウェットの実験は行っていません．計算科学とデータ科学の両方向からの解析を組み合わせることで，データ解析で見つけた特徴をシミュレーションにより検証したり、シミュレーションによって新しい学習用データを作り，AIモデルの性能を高めるなど，互いを補完し合う形で研究を発展させることができます．
また，研究を広く推進する目的で，解析用の構造データをデータベースとして公開しています．コンピュータに不慣れな方でも利用できるよう，解析用のウェブアプリケーションの開発にも取り組んでいます．
データサイエンス
深層学習や機械学習を用いて立体構造データやシミュレーションデータからの情報抽出や分子の物性予測を行います
シミュレーション
分子動力学シミュレーションや量子化学計算を用いて，分子の動態や分子間・分子内相互作用などを解析します
アプリケーション開発
ヘムタンパク質関連の立体構造データベースを公開しています
Danish
PyDISH
キーワード： タンパク質，ヘム，構造機能相関，シミュレーション，ディープラーニング，分子内相互作用，構造インフォマティクス
メンバー募集
コンピュータを使って生命の謎を解明したいという意欲的な学生を歓迎します．卒業研究においては，配属時のプログラミングスキルは問いませんが，配属後はPythonを習得してもらいます（プログラミングができないと研究が進められません）．各自のPCはmacOSですが，解析にはLinuxサーバを用います．